Die Familie Kobencl war im neuen Jahrhundert eine der bedeutendsten Adelsfamilien in der Region Goriška. Sie stammen ursprünglich aus Kärnten, wo sie im 13. Jahrhundert erstmals erwähnt wurden.
Die Familie, die bereits im 16. Jahrhundert in Krain stark vertreten war, besaß neben Štanjel zahlreiche Ländereien im heutigen Vipava-Tal, in Gorica und im italienischen Karst, in Notranjska (Innerkrain) und im heutigen Friaul-Julisch Venetien. Sie prägte das Schicksal von Štanjel bis 1810, als der letzte männliche Vertreter der Familie, Janez Filip, Graf Kobencl, starb. 
Im Jahr 1508 erhielt die Adelsfamilie Kobencl Štanjel von den Habsburgern als Lehen. Der erste Štanjel-Kobenzl wird als Krištof Kobenzl erwähnt, der als Verwalter und Kommandant im ersten Jahr des österreichisch-venezianischen Krieges (1508-1516) Štanjel erfolglos gegen die Venezianer verteidigte. Im folgenden Jahr (1509) kehrte die österreichische Herrschaft nach Štanjel zurück.
Nach dem Venezianischen Krieg wurde Štanjel systematisch befestigt, hauptsächlich wegen seiner defensiven Bedeutung entlang der neuen Westgrenze der Habsburgermonarchie. Während des Krieges wurde der Turmhof auf Turn niedergebrannt und zerstört. Nach Kriegsende wurde er jedoch nicht wieder aufgebaut – mit seinen Steinen wurde das beschädigte und schlecht gesicherte Lager repariert. Im 16. und 17. Jahrhundert wurde Gledanica als Steinbruch genutzt. Das neue Gutshaus mit der zentralen Verwaltungsfunktion wurde daraufhin im äußersten Nordwesten des Dorfes neben dem Wirtschaftsgebäude des ehemaligen Turmgutes errichtet. In der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurde eine neue Außenmauer errichtet, die konzentrisch eine etwa viermal größere Fläche umschloss als die alte Mauer aus dem letzten Drittel des 15. Jahrhunderts. Die Jahreszahlen auf den erhaltenen Gedenktafeln lassen vermuten, dass die Familie Cobenzl im Jahr 1583 mit dem Umbau des Schlosses begann. 1661 erhielt es sein heutiges Barock-Renaissance-Aussehen. Acht Jahre später wurde die zweiflügelige Residenz mit einer Sperrmauer und einem monumentalen Renaissance-Portal fertiggestellt.
Viele prominente und hochrangige Vertreter der Habsburgermonarchie stammten aus der Familie Kobencl. Sie bekleideten vom 16. bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts viele wichtige diplomatische Ämter. Neben diplomatischen Vertretern treffen sind sie auch unter den höchsten Vertretern der Habsburger zu finden – unter den Kapitänen von Triest und Gorica, den Hauptleuten von Krain und Burgenland sowie den regionalen Krain-Viztumen und vielen anderen wichtigen Positionen.
